Micheli, Fabienne

Affectation

• Cirad, Departement BIOS, UMR AGAP, Montpellier, France - Chercheuse Senior
• Universidade Estadual de Santa Cruz (UESC), Ilhéus, Brésil - Professeure Visitante

Discipline et activités

• Biologie moléculaire
• Analyse du génome

Adresse

Cirad

UMR AGAP
Avenue Agropolis
34398 Montpellier Cedex 5
France 

Contact

fabienne.micheli@cirad.fr

Fonction détaillée et responsabilités administratives

• HDR. Soutenue le 21 avril 2009 à l’Université Paris Sud (XI)
• Docteur en Physiologie Cellulaire et Moléculaire des Plantes (Paris 6)
• Chercheuse en biologie moléculaire végétale (spécialité génomique)
• Coordinatrice de projets de recherche en collaboration avec les pays du Sud
• Encadrante d'étudiants de Master et Doctorat en Génétique
• Vice-Coordinatrice de l'Ecole Doctorale "Genética e Biologia Molecular" de l'UESC (2008-2010)
• Membre de la Chambre d'Evaluation (section Biologie) de la FAPESB (2009-2011)
• Membre du collège de l'Ecole Doctorale en Génétique et Biologie Moleculaire de l'UESC (2008-2022)
• Membre de l'Ecole Doctorale GAIA - représentante filière BIDAP (depuis 2021)
• Supléante de l'équipe SEAPAG de l'UMR AGAP (2021-2022)
• Membre du corps editorial de journaux internationaux depuis 2013
• Responsable du Laboratoire de Biologie Moléculaire à l'UESC (2008-2020)

Domaines de compétences et expertise

• Biologie moléculaire et biochimie des plantes
• Génomique fonctionnelle (fondamentale et appliquée à la sélection) et autres omics
• Interactions plantes-microorganismes
• Plantes perennes (e.g. peuplier, cacaoyer, agrumes)
• Plantes modèles (e.g. Arabidopsis, Medicago truncatula, tomate, tabac)
• Etudes physiologiques

Expérience de la recherche

• 1996-2001 - Etude moléculaire et biochimique des pectine methylesterases dans la différenciation cambiale chez le peuplier / Contrat Européen FAIR / IJM, Paris, France
• 2001-2002 - Etude du programme symbiotique précoce de Medicago truncatula par génomique fonctionnelle / Contrat Européen FP6 / LIPM, Toulouse, France
• 2002-2008 - Etude de l'interaction cacaoyer-Moniliophthora perniciosa par génomique fonctionnelle / Contrat Cirad-UESC / Laboratorio de Genética e Expressão Gênica, Ilhéus-BA, Brésil

Domaines d'intervention géographique

• Europe (collaborations avec des groupes de recherche européens / projets europeens FAIR, FP6)
• Brésil (en poste depuis 2002 dans le cadre de collaborations Cirad/Universidade Estadual de Santa Cruz - UESC et Cirad/Comissão Executiva do Plano da Lavoura Cacaueira-CEPLAC)

Activités d'enseignement et de formation

Enseignements théoriques

• Biologie des systèmes/UESC/Master et Doctorat
• Sécurité de Laboratoire/UESC/2nd et 3ème cycle
• Biotechnologies : transgenèse végétale et culture in vitro/UESC/Maîtrise
• Redaction d'articles scientifiques/UESC/Master et Doctorat
• Metodologia de Pesquisa/UESC/Master et Doctorat
• Stress biotiques et abiotiques chez les plantes perennes/UESC/Master et Doctorat

Encadrements d'étudiants de 3ème cycle (Master/Doctorat) en Génétique (PPGGBM de l'UESC)

• Akyla Maria Martins Alves - Master - Expressão gênica e estudos funcionais de genes envolvidos na interação cacau-Moniliophthora perniciosa (2013-2015) 
• Akyla Maria Martins Alves - Doctorat - Caracterização funcional de selenoproteinas e proteinas de ligação ao selênio envolvidas na interação Theobroma cacao-Moniliophthora perniciosa (2015-2019)
•  Alda Silda dos Reis - Doctorat - Estudo funcional de genes da via de biossintese de carotenoides e açucares relacionados à qualidade do fruto citrico (2017- 2022)
• Braz Tavares da Hora Júnior - Master - Determination de gènes impliqués dans la resistance du cacaoyer à Moniliophthora perniciosa sur arrays (2006-2008)
• Caio Suzart Argolo Lavinsky - Doctorat - Estudos de fatores de transcrição envolvidos na qualidade do fruto em citros (2018-2023)
• Claudia Garcia Neves - doctorat - Influencia da interação genotipo-ambiente nas caracteristicas bioquimicas e moleculares da qualidade de tangerinas (2013-2018)
• Dayanne Silva Monteiro de Almeida - Doctorat - Etude de facteurs de transcription impliqués dans la résistance du cacao à Moniliophthora perniciosa (2012 - 2016)
• Dayane Santos Gomes - Master - Analyse moléculaire et biochimique de la régulation métabolique des chitinases de Moniliophthora perniciosa (2007-2009)
• Dayane Santos Gomes - Doctorat - Etude de la formation du basidiocarpe chez Moniliophthora perniciosa (2009-2014) 
• Edson Mario de Andrade Silva - Master - Interatomica do desenvolvimento do fungo Moniliophthora perniciosa (2016- 2018)
• Emiliyn Kely Moron Valeriano - Doctorat - Estudos bioquimicos e aplicações biotecnologicas de GPX de cacau (2019- 2023)
• Fredson dos Santos Menezes - Master - Estudos funcionais de genes envolvidos na interação cacau-M. perniciosa (2018-2020)
• Fredson dos Santos Menezes - Doctorat - Identificação, caracterização de genes envolvidos na interação cacau-M. perniciosa (2020-2024)
• Heliana Argôlo Santos Carvalho - Master - Etude fonctionnelle de cysteines protéases de l'interaction cacao-Moniliophthora perniciosa (2005-2007)
• Heliana Argôlo Santos Carvalho - Doctorat - Characterisation biochimique et moléculaire de pectinases de Moniliophthora perniciosa (2008-2013)
• Jacqueline Araujo Castro - Doctorat - Etudes fonctionnelles de gènes impliqués dans la tolérance au stress hydrique par transformation génétique du tabac e d'agrumes (2012 - 2017)
• Lidiane Figueredo Ribeiro - Master - Expressão genica de membros da familia multigenica de proteinas relacionadas a patogenese PR-4 de Theobroma cacao (2016 - 2018)
• Lidiane Figueredo Ribeiro - Doctorat - Estudos bioquimicos e funcionais alelo-especifico de licopeno ciclase de citros (2021 -  en cours)
• Lívia Santos Lima - Master - Identification de polymorphisme en ESTs de l'interaction cacao-Moniliophthora perniciosa (2005-2007) 
• Lívia Santos Lima - Doctorat - Charactérisation de gènes de l'interaction cacao-Moniliophthora perniciosa à partir de génotypes de cacaoyers présentant des résistances différentes au balai de sorcière (2007-2010) 
• Lucas Ferraz dos Santos - Doctorat - Genomique du cupuaçu en relation avec la qualité du fruit et la résistance à Moniliophthora perniciosa (2012 - 2016)
• Lucas Jhones de Santana Neves - Master - Identificação e analise de moléculas associadas a redução de desenvolvimento de Phytophthora sp. em citros (2021 - 2023)
• Luziane Brandão Alves - Doctorat - Estudos funcionais de genes de açucares na qualidade de citros (2020-2024)
• Maíza Alves Lopes - Master - Etude moléculaire de chitinases de Moniliophthora perniciosa (2003-2005)
• Maíza Alves Lopes - Doctorat - Etude fonctionnelle de facteurs de transcription de l'interaction cacao-Moniliophthora perniciosa (2006-2010)
• Maria Luiza do Carmo Santos - Doctorat - Caracterização funcional de proteinas da familia GPX de Theobroma cacao (2019-2023)
• Milena do Amaral Santos - Doctorat - Identification et études fonctionnelles de gènes polymorphes de la voie de biosynthèse des caroténoides chez les agrumes (2014 - 2018)
• Milena Santos Doria - Doctorat - Analyse proteomique de variétés d'agrumes infectées par Alternaria alternata (2014 - 2018)
• Monique Drielle Gomes Ferreira - Master - Etudes fonctionnelles de gènes impliqués dans la tolérance au stress hydrique par transformation génétique du tabac (2012 - 2014)
• Monique Drielle Gomes Ferreira - Doctorat- Etudes fonctionnelles de gènes potentiellement impliquésdans la tolerance au stress hydrique, par transformation génétique de tabac (Nicotiana tabacum L.) e de citros (2015- 2019)
• Natasha dos Santos Lopes - Master - Transformção genetica de planta modelo com gene TcPR-10 mutante para caracterização de resistencia a Moniliophthora perniciosa (2016 - 2018)
• Natasha dos Santos Lopes - Doctorat - Transformação genetica de planta modelo com gene TcPR-10 mutante endereçado para o espaço extracelular (2018-2023)
• Patricia Lorena Gonzalez Grande - Doctorat - Estudos de doenças em cacau por abordageens biotecnologicas (2018 - 2023)
• Raner José Santana Silva - Master - Estudos moleculares e funcionais de genes de cupuaçuzeiro (2013-2015)
• Raner José Santana Silva - Doutorado - Estudo de receptores de padrões moleculares associados a patogenos (PAMPs) em Theobroma cacao e sua aplicação no controle da vassoura-de-bruxa (2016- 2019)
• Rogério Mercês Ferreira dos Santos - Doctorat - Etude moléculaire de l'interaction cacao-Ceratocystis cacaofunesta (2008-2012)
• Sara Menezes Pereira - Doctorat - Etude moléculaire de gènes impliqués dans la résistance du cacaoyer à Moniliophthora perniciosa (2010-2014)

Supervision de Post-Docs

• Natasha dos Santos Lopes (UESC) - CNPq - Edition du génome chez les agrumes (2023-en cours)
• Maria Luiza do Carmo Santos (UESC/Embrapa) - CNPq - Edition du génome chez les agrumes (2023-en cours)
• Silvia Dorta (Cirad) - CAPES - Edition du génome chez les agrumes (2022-2023)
• Luciana Rodrigues Camillo (UESC/Cirad) - CNPq - Functionnality of ancestral haplotypes of carotenoid biosynthetic pathway genes related to citrus fruit quality (2023) 
• Raner José Santana Silva (UESC) - CAPES - Estudos de receptores de padrões moleculares associados a patoggenos em Theobroma cacao e suas correlações com efetores de Moniliophthora perniciosa e Moniliophthora roreri (2019-2024)
• Akyla Maria Martins Alves (UESC) - CAPES - Estudos funcionais in silico e in vitro de genes e proteinas de Theobroma cacao com potencial biotecnologico para doenças do cacaueiro e/ou doenças humanas negligenciadas (2018-2024) 
• Milena do Amaral Santos (UESC/Cirad) - CAPES/MOPGA - Estudos funcionais dos genes da via de biossintese de carotenoidese açucares relacionados a qualidade do fruto citrico (2018-2022) 
• Sara Pereira Menezes (UESC) - CAPES/EMBRAPA - Etudes fonctionnelles de gènes de Theobroma cacao (2014 - 2016)
• Tahise de Oliveira Magalhães (UESC) - Projet PVE-CNPq - Proteomique d'interaction agrumes-pathogènes (2014 - 2017)
• Fabiana Marcia Barbosa de Paula (UESC) - Projet PDJ-CNPq -Analyse des gènes impliqués dans la biosynthèse des sucres chez la mandarine (2014-2015)
• Daniel do Jordão Amaral (UESC) - Projet PVE-CNPq - OMICs de la qualité chez les agrumes (2013-2016)
• Lorêta Buuda da Matta (UESC) - CAPES/EMBRAPA - Etudes fonctionnelles de gènes de Theobroma cacao (2012-2013)

Participation aux Projets

En tant que coordinatrice ou vice-coordinatrice

• Otimização do protocolo de edição de genoma em citros para melhoria de caracteristicas agronômicas (CAPES-COFECUB) - en cours
• Otimização do protocolo de edição de genoma em citros para melhoria de caracteristicas agronômicas (CNPq) - en cours
• Functionality of ancestral haplotypes of carotenoid biosynthetic pathway genes related to citris fruit quality (CNPq) - en cours
• Otimizar a produção e reduzir os estresses en plantas perenes: das Omicas até as analises funcionais (CNPq) - en cours
• Proteomics and metabolomics for perennial crop protection: improvement of the OMIC platform at UESC (CNPq-PVE)
• Influência da interação genotipo-meio ambiente na qualidade de tangerinas (CNPq)
• Estudos funcionais in planta e in vitro: obtenção de moleculas bioativas contra o fungo Moniliophthora perniciosa, causador da vassoura-de-bruxa (FAPESB)
• Influence de l'interaction génotype-environnement sur la qualité de la mandarine (CAPES-Agropolis) 
• OMICs insights on genotype/environment interaction to improve small citrus fruit quality (CNPq-PVE)
• Genomica da interação do gênero Theobroma com Moniliophthora perniciosa: uma base comum aos estudos funcionais e ao melhoramento do cacaueiro e do cupuaçuzeiro (CAPES-EMBRAPA)
• Plantas produtoras de molécula antifungica apresentando resistência a vassoura-de-bruxa, doença do cacaueiro (BNB)
• Superexpressão e endereçamento extracelular de PR10 em tomate visando o aumento de resistência da planta a Moniliophthora perniciosa (CNPq)
• Estudo molecular da interação cacau-Ceratocystis cacaofunesta (FAPESB)
• Determinação de genes envolvidos na resistência do cacau ao Crinipellis perniciosa via microarrays (FAPESB)
• Functional analysis of candidate genes for resistance of cacao to the pathogenic fungus Crinipellis perniciosa (IFS)
• Estudo funcional de fatores de transcrição WRKY da interação cacau-Crinipellis perniciosa (CNPq)
• Functional analysis of candidate genes for resistance of cacao to witches' broom disease: in planta evidences (IFS)
• Caracterização de pectinases do Crinipellis perniciosa para aplicações biotecnologicas (BNB)
• Prospecção de plantas para estabelecimento de um patossistema modelo da interação cacau-Moniliophthora perniciosa (CNPq)

En tant que collaboratrice 

• Détection précoce et réponse rapide à la maladie du balai de sorcière du manioc - DECODE (DGAL) - en cours
• Propecção e edição de genes para melhoria da produtividade e qualidade de frutas citricas frente às mudanças climaticas - en cours
• Potencializando a memoria epigenética em citros através do deficit hidrico: um avanço no cultivo agropecuario (Embrapa) - en cours
• Criação, mediante transgenia, de variedades porta-enxerto tolerantes a seca e desafio destas ao HLB (Embrapa) - en cours
• Patogenomica de Moniliophthora perniciosa para aplicações no controle da vassoura-de-bruxa (FAPESB)
• Plataforma de computação de alto desempenho cabruca (FINEP) - en cours
• Hibridos triploides de tangerinas sem sementes: uma alternativa a citricultura brasileira para mercado de frutas frescas (CNPq)
• Desenvolvimento de variedades citricas com frutos sem sementes para consumo in natura (FAPESB) 
• PRONEM - nucleo de proteomica e de analises funcionais e biotecnologicas no pos-genoma do cacau (CNPq/FAPESB) 
• Renobruxa (FINEP)
• Genuaçu (Macroprogramme 2 Embrapa)
• Estudos moleculares da interação de microrganismos endofiticos e cacau visando o controle de doenças (Macroprogramma 3 Embrapa)
• Analise funcional da proteina relacionada a patogenicidade (PR10) isolada de uma biblioteca de cDNA da interação Theobroma cacau-Crinipellis perniciosa (CNPq, FAPESB)
• Genoma do fungo Crinipellis perniciosa, agente causador da doença vassoura-de-bruxa no cacau (SEAGRI, CNPq, Estado da Bahia)
• Caracterização bioquímica e molecular da quitinase de Crinipellis perniciosa, o fungo causador da vassoura-de-bruxa do cacaueiro (CNPq)
• Análise funcional de genes expressos diferencialmente na interação Theobroma cacao:Crinipellis perniciosa (FAPESB)
• Genoma funcional de cacau (CNPq)
• Piramidização de genes de resistência à vassoura-de-bruxa visando a seleção de novas variedades resistentes ao fungo Crinipellis perniciosa (CNPq)