Xavier Argout                                  

Département BIOS 

Equipe Intégration des Données

UMR Développement et Amélioration des Plantes 

Discipline et activités

• biologie moléculaire
• analyse du génome

Adresse

• TA A-96 / 03
  Avenue Agropolis
  34398 Montpellier Cedex 5

Tél/Fax/Mail

• Téléphone : +33 4 67 61 58 00 ext. 5445
• Télécopie : +33 4 67 61 56 05
• Adresse mail : xavier.argout@cirad.fr

Objectif de recherche et responsabilités  

Conception et développement de chaînes de traitement automatisées

• Concepteur, programmeur et responsable du développement de l’outil ESTtik, pour le traitement et l’analyse et de séquences de type ESTs.
• Participation aux activités bioinformatiques du Generation Chalenge Program : modélisation de la plateforme, développement et d’encadrement de stagiaires. Présentation des outils développés. site Web GCP
  
• Maintenance de l’outil SAT pour l’analyse de banques enrichies en microsatellites. site Web SAT
  

Administration de la base de données internationale sur le cacaoyer CocoaGenDB

site Web CocoaGenDB

Mission transversales dans le cadre de l'UMR

• Animateur et co-organisateur de formation en bioinformatique.
• Administration des serveurs informatiques.
• Encadrement de stagiaires.
• Animateur d’un atelier de discussion.
  

Activités d'enseignement et de formation

Formateur dans le cadre de formations d'initiation à la bioinformatique

• Formation "Initiation à la bioinformatique", Montpellier, pour les partenaires du IRRDB, International Rubber Research and Development Board, 29 mai – 2 juin, 2006
  
• Formation "Initiation à la bioinformatique", Guadeloupe, Février 2005
• Formation "Initiation à la bioinformatique", Montpellier, 3 sessions : Juin 2004, Octobre 2004, Juin 2005

Publications

Articles de périodiques

• Alexis Dereeper, Xavier Argout, Claire Billot, Jean François Rami, Manuel Ruie : SAT, a flexible and optimized Web application for SSR marker development. BMC Bioinformatics. 2007 Nov 29;8:465.
• Terol J, Conesa A, Colmenero JM, Cercos M, Tadeo F, Agusti J, Alos E, Andres F, Soler G, Brumos J et al: Analysis of 13000 unique Citrus clusters associated with fruit quality, production and salinity tolerance. BMC genomics 2007, 8:31.
• Hocher V, Auguy F, Argout X, Laplaze L, Franche C, Bogusz D: Expressed sequence-tag analysis in Casuarina glauca actinorhizal nodule and root. The New phytologist 2006, 169(4):681-688.
• Jouannic S, Argout X, Lechauve F, Fizames C, Borgel A, Morcillo F, Aberlenc-Bertossi F, Duval Y, Tregear J: Analysis of expressed sequence tags from oil palm (Elaeis guineensis). FEBS letters 2005, 579(12):2709-2714.
• Fernandez D. SP, Agostini C., Bon M. C., Petitot A. S., Silva M. C., Guerra Guimaraes L., Ribeiro A., Argout X., Nicole M.: Coffee (Coffea arabica L.) genes early expressed during infection by the rust fungus (Hemileia vastatrix). Molecular Plant Pathology 2004, 5(6):527-536.

Communications

• Alexis Dereeper, Xavier Argout, Manuel Ruiz. GenMapping Web Query, an integrated and generic Web application connected to multiple genetic and genomic mapping plant data sources. DILS, Philadelphia, PA USA, June 27-29, 2007.
• Xavier Argout, Manuel Ruiz, Mathieu Rouard, Chris Turnbull, Claire Lanaud, Eric Rosenquist, Brigitte Courtois. CocoaGen DB : a Web portal for crossing cocoa phenotypic, genetic and genomic data from ICGD and TropGene DB databases. 15th International Cocoa Research Conference, VOL. I, pp. 515-518. October 9-14, 2006. 
• Xavier Argout, Manuel Ruiz, Olivier Fouet, Claire Lanaud, Patrick Wincker, Corinne Da Silva, Brigitte Courtois. ESTtik, a semi-automatic cDNA sequence analysis and annotation pîpeline including SSR and SNP search tools. 15th International Cocoa Research Conference, VOL. I, PP 501-506. October 9-14, 2006.
• Xavier Argout, Manuel Ruiz, Mathieu Rouard, Chris Turnbull, Claire Lanaud, Eric Rosenquist, Brigitte Courtois. CocoaGen DB, an Integrative Information System to Exploit both Phenotypic and Genomic Data on Cocoa.  ISMB 2006, Fortaleza, Brazil, August 6-10, 2006.
• Xavier Argout, Manuel Ruiz, Mathieu Rouard, Chris Turnbull, Claire Lanaud, Eric Rosenquist, Brigitte Courtois.  CocoaGen DB, an international integrative cocoa database, with phenotypic, genetic and genomic data. 1st International Biocurator Meeting, Pacific Grove, CA, December 8-11, 2005.
• Valérie Hocher, Xavier Argout, Florence Auguy, Laurent Laplaze, Claudine Franche and Didier Bogusz. Approche génomique de la symbiose actinorhizienne Casuarina-Frankia. 2nd Mediterranean Conference of Rhizobiology, Oran, Algérie, 23-25 mai 2004
• Valérie Hocher, Xavier Argout, Florence Auguy, Sergio Svistoonoff, Laurent Laplaze, and Didier Bogusz. Analysis of Casuarina glauca nodule and root Expressed Sequence Tags (ESTs). 6th European Nitrogen Fixation Conference, Toulouse, France, 24-27 juillet 2004