Cirad

Manuel RUIZ

Sujet Stage Master 2 GenomeHarvest

Bioinformatique

Titre : Méthodes d'inférences des variations génomiques structurales comme déterminants de la recombinaison génétique

Encadrant 1 : Manuel Ruiz, CIRAD

Encadrant 2 : Mathias Lorieux, IRD/CIAT

Contexte:

Chromosome recombination is the basic concept behind genetic maps and genetic mapping of QTLs. Importantly, fine QTL mapping and cloning using experimental populations is often hampered by lack of recombination in the QTL region. This recombination deficiency can be due to several causes, and structural variation between the parental lines of the cross is among the most problematic ones. Large indels, translocations, inversions, tandem gene duplication, transposable element burst, are all sources for lack of crossing over during meiosis in hybrids of distant parental lines. It is therefore of uppermost importance for QTL studies to be able to correctly predict recombination in function of structural variation observed between the parental lines of an experimental cross.

Matériels d'étude:

Sujet:

L'objectif final de ce travail qui s'intègre dans le projet Agropolis Fondation « GenomeHarvest », est de produire un modèle prédictif de la recombinaison dans une population, en fonction des différences structurales entre les génomes des lignées parentales.

Ceci implique de disposer ou de développer différents types d'outils et de ressources, notamment:

Dans le cadre du sujet de Master, il s'agira de produire une évaluation des réarrangements structuraux pour une région génomique donnée. Cette évaluation devra être traduite en valeurs numériques, au moyen d'un système mathématique multi-paramétré, ce qui permettra dans un deuxième temps d'établir des liens avec l'estimation de la recombinaison génétique locale.

Contact : manuel.ruiz(at)cirad.fr 

Le stage se déroulera au sein de l’équipe Intégration des Données de l'UMR AGAP à Montpellier . 

Indemnités de stage

 

 

 

 

 

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